甲状腺微粒体抗体是免疫过程中产生的甲状腺自身抗体，在自身免疫性疾病患者的血液中都可以检测出来。慢性淋巴细胞性甲状腺病人的甲状腺微粒体抗体都可以出现高水平增加，而弥漫性甲亢病人测定的甲状腺微粒抗体则较前要降低。所以抗甲状腺微粒体抗体是诊断甲状腺自身免疫性疾病的首选指标，只要升高就有诊断的参考意义，而单一的抗甲状腺过氧化物酶抗体升高不能判断是什么疾病，需要进一步查甲状腺球蛋白抗体、甲状腺微粒体抗体、促甲状腺激素受体抗体等进一步明确性质。如果甲状腺微粒体抗体、甲状腺球蛋白抗体、甲状腺功能都升高，就是桥本甲状腺炎导致的甲亢。如果甲状腺微粒体抗体升高，甲状腺球蛋白抗体升高，而甲状腺功能降低，就是桥本甲状腺炎导致的甲减。如果甲状腺微粒体抗体升高，甲状腺球蛋白也升高，而甲状腺功能正常，那么就是桥本氏甲状腺炎，无需治疗，定期监测甲状腺功能即可。
