灰指甲在临床上主要是由于皮肤癣菌感染所导致的，皮肤癣菌中又以红色毛癣菌感染为最主要的，其次还有须癣毛癣菌、絮状表皮癣菌。还有的患者是以酵母菌或霉菌感染为主要表现，主要的酵母菌感染有念珠菌感染、马拉色菌感染，霉菌有短帚霉菌、柱顶孢霉菌。但是一般在临床上，不同的真菌感染所导致的症状并没有明显的区别，而且在用药上也没有明显的不同，所以患者一般不需要特别纠结，是由于什么真菌感染所导致的，进行系统正规的用药就可以。
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