如果有肝病、肝炎、肝功能损害的患者，甲胎蛋白也有可能会升高，因为肝炎肝细胞坏死、肝细胞增生的情况下，就会导致甲胎蛋白的偏高，但这种情况引起的甲胎蛋白偏高比较轻度，并不会引起甲胎蛋白的明显升高，大约在400μg/L以下。此外，也要进一步排除是否有肝癌的可能，大约80%的肝癌会出现甲胎蛋白的升高，特别是慢性肝病合并出现了肝癌的情况，此时一定要积极的进行鉴别，可以先进行肝功能以及肝胆彩超的检查，确定一下是否有肝脏的异常病变。如果有相关的异常病变，则需要及早给予CT或者磁共振增强，进一步确定肿瘤的良恶性。
