手足口病病毒并没有特效的抗病毒药物治疗，一般可以选择α干扰素喷雾或者是雾化，具有一定的抗病毒作用。一般认为在接触病毒最初的24-48小时使用，对于抑制病毒是最有效的，抗病毒药物都没有特别确切的疗效。
对于重症的手足口病，选择静脉注射利巴韦林，利巴韦林存在有一定毒副作用，而且对生殖系统也有一定毒性，所以在药物选择方面一定要慎重。对于手足口病的治疗主要就是对症治疗，如果孩子有发热超过38.5℃，及时给予口服退热药物。如果孩子不能进食，要及时给予补充水和电解质。
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