临床上，肠炎没有特异性的表现，单纯表现为腹泻、腹泻与便秘交替或者表现出单纯的腹痛。如果只有腹痛，不能说明是肠炎，因为腹痛的原因特别多，肠炎虽然能表现出腹痛，但是腹痛可能不仅仅是肠炎引起的，还有其他的疾病，比如肠易激综合征、肠功能紊乱、胆囊炎、阑尾炎或者慢性溃疡性结肠炎以及妇科疾病等。所以，要排除单纯的腹痛，尤其是儿童，需要排除有无肠系膜淋巴结炎的情况。所以，肠炎仅指肠黏膜损伤引起的肠道功能的紊乱，其他的方面的情况，还需要进一步去排除。
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