子宫颈腺囊肿绝大多数情况下是子宫颈的生理性变化，这是由于子宫颈转化区内鳞状上皮取代柱状上皮过程中，新生的鳞状上皮覆盖子宫颈腺口或者伸入腺管，将腺管口阻塞导致腺体的分泌物引流受阻，潴留就形成了囊肿。一般子宫颈腺囊肿是生理性的变化，所以通常不需要进行特殊的处理治疗。只是在深部的子宫颈腺囊肿，子宫颈表面没有异常，仅仅表现为子宫颈肥大而已，这时要与子宫颈腺癌进行鉴别区别才行。
