慢性附睾炎最常见的病因是细菌感染，一般以大肠埃希菌感染居多。如果是大肠埃希菌感染，一般需要口服抗生素，最常见的药物是喹诺酮类药物，如左氧氟沙星、氧氟沙星。其次，支原体、衣原体感染可能会引起慢性附睾炎，最常见的就是要使用红霉素类药物，一般是红霉素、罗红霉素、克拉霉素。另外，病毒性感染也会引起慢性附睾炎，病毒性感染没有特殊的治疗药物，一般可以使用利巴韦林。最主要的是要增强体质，加强锻炼，同时要避免久坐或久躺，避免局部血液淤积，促进局部血液循环。慢性附睾炎还有比较少见的病因是结核菌感染，结核感染需要使用抗痨药物，很多结核性感染的慢性附睾炎患者最终都需要切除附睾。如果慢性附睾炎反复发作，可能也需要行附睾切除术。
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