肾结石形成的原因有很多，可以和年龄、性别、种族、遗传、环境因素、饮食习惯、职业等有关。有些疾病比如甲状旁腺亢进、高血糖、皮质醇增多、长期卧床、维生素的缺乏、感染和使用的药物都可以引起肾结石。肾结石的形成是因为尿液比较浓缩尿中的晶体浓度增高，析出并在肾脏局部生长沉淀，最后形成结石。最常见的是草酸钙结石，其他的比如磷酸钙、磷酸铵镁、尿酸等结石。每个病人需要根据他的具体的情况进行分析，找到最容易引起的结石原因。
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