对于肝内胆管的结石，最好是通过手术方式治疗，因为此类结石通常是以泥沙状的性质存在于肝内胆管。胆管内结石可以聚集成团，堵塞后引起相应的症状，导致患者反复发生炎症，甚至导致肝脏萎缩。长此以往，可以导致局部的肝脏癌变，所以肝内的胆管结石治疗最好是以手术为主。
手术需要打开胆总管，在胆总管内置放胆道镜，而在胆道镜的直视下，可以对结石进行冲洗、引流，再进行取石，从而使阻塞的胆管变得通畅。在此基础上，如果发现肝脏有部分萎缩，应将萎缩的肝脏切除，因为萎缩的肝脏已经在反复的胆管炎刺激下，发生一定程度的变性改变。如果不能将萎缩的肝脏及时切除，在今后的几年之内，肝脏有可能会癌变为胆管癌。综上所述，对于肝内胆管结石的合理治疗方式是手术。
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