血栓做手术是有风险的，无论是动脉，还是静脉，在对血栓进行手术过程中，都会造成血栓的脱落。对于动脉，在血栓脱落后会造成远端肢体和脏器出现缺血进一步加重，而严重的可能会造成肢体的坏死，甚至截肢。而对于脏器，可能会造成脏器功能的影响，如肾脏功能受到严重影响而出现肾衰竭等。如果是静脉血栓，在做血栓手术过程中可能会造成血栓脱落到远端，因而进一步加重静脉回流受阻，常见的如下肢深静脉血栓，在做血栓过程中以往要先进行下腔静脉滤器植入术，就是防止血栓在手术过程中脱落而发生肺栓塞，因为一旦发生肺栓塞，轻者会出现胸痛、胸闷的症状，严重的可以造成呼吸困难、晕厥，甚至危及生命的风险。
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