紧急避孕药的副作用可以引起头晕以及胃肠道反应，比如恶心、呕吐，并且有人在停药后3-5天会出现撤退性阴道出血。一旦出现撤退性阴道出血，那么原有的月经周期就会被打乱。
紧急避孕药的避孕机理就是抑制排卵或者改变子宫内膜厚度，阻止受精卵着床。所以子宫内膜在大量孕激素的作用下会发生变化，停药以后失去了外源性孕激素的支撑，就会出现撤退性出血。所以建议不到万不得已的情况下，尽量不要吃紧急避孕药。如果没有计划怀孕，建议用避孕套避孕，这样没有副作用，效果又好。
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