先天性甲状腺功能减退症的患者不能治愈，只能终身服用左甲状腺素，这是由于患儿的甲状腺发育异常，可能是甲状腺完全缺如，或者在胚胎时期甲状腺微适当的下降造成。甲状腺组织缺如、异位，甲状腺激素的合成不全，导致先天性甲状腺功能减退症，也可见于甲状腺特异性的转录因子发生异常。
总之，发生先天性甲状腺功能减退症时，需要终身用左甲状腺激素替代治疗，可见于新生儿甲状腺组织缺如，也可见于母体在怀孕期间甲亢应用抗甲状腺药物过多所导致。不论什么原因引起的，都应该让患儿终身服用左甲状腺素。
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