三岁小孩黑眼圈严重的原因考虑以下几方面：
1、遗传因素，父母有黑眼圈可以引起孩子出现黑眼圈。
2、睡眠不足，如维生素D或者钙缺乏可以导致睡眠不足。
3、心肺疾病，如果伴有咳嗽、喘息、乏力等症状，建议进行心肺方面的检查。
4、过敏性疾病，如过敏性鼻炎，会引起眼睑周围静脉回流受阻，导致黑眼圈。
5、脾胃虚弱，建议到中医就诊，适当口服调节脾胃的中药。
