腰穿患者疼痛并不十分明显，只在开始局麻时有轻度的疼痛感。但是，腰穿对疾病的诊断与鉴别诊断非常重要，如中枢神经系统感染性疾病、中枢神经系统、非感染性的炎性疾病。
临床怀疑蛛网膜下腔出血，而头颅CT尚不能证实时，脑膜癌病、原发性继发性中枢神经系统淋巴瘤等，累及脑膜的肿瘤诊断、脊髓病变和多发性神经根病变等，临床怀疑有以上疾病时，需要做腰穿脑脊液检查。腰穿时，需注意摆正体位，腰穿后去枕平卧六个小时，以防低颅压性头痛，腰穿如果在临床有诊断价值时，应尽量进行。
