幽门螺杆菌感染，可以通过中药来进行治疗，临床上中药口服的时间最好是空腹，这样可以使中药直接作用于胃部，使胃内的环境改变，有效的抑制幽门螺杆菌的生长甚至杀灭。临床上经常用到对于幽门螺杆菌进行治疗的中药有很多，主要是组成中药方剂，像常用的香砂六君子丸，还有黄芪建中汤以及柴胡疏肝散，还有参苓白术散、三仁汤、连朴饮等，在医生的辨证下合理的进行应用，对于改善细菌的治疗效果，对于配合抗生素进行治疗，都是有很大帮助。而且也可以适当的应用奥美拉唑，还有莫沙必利等药物相配合。
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