肾结核的原发病灶是肺结核，由于患有肺结核后，结核杆菌会顺着血流逐渐达到肾脏，引起了肾皮质的病理改变，主要表现为干酪样坏死物质，以及小空洞的形成。病情逐渐进展会导致整个肾脏的破坏，以及对侧肾脏的积水，结核菌仍然会顺着尿流，排出的过程中刺激膀胱黏膜，引起明显的尿路刺激症状，尤其是尿频的症状非常严重。
同时，尿常规的检查有较多的脓尿和血尿，普通的抗感染治疗不能使症状缓解和炎症消失。超声学检查可以见到肾脏严重破坏，出现梅花瓣样改变，而对侧肾脏出现积水。个别患者严重时会有结核中毒症状的发生，包括午后低热、盗汗，患者会出现贫血、乏力。
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