自身免疫性肝炎的诊断需要做肝脏穿刺检查。因为按照目前的诊断标准，自身免疫性肝炎的诊断是一个积分诊断，而肝脏病理学的检查占的分数比重比较大。自身免疫性肝炎在病理学上有特殊的表现，可以和其它原因导致的肝炎做重要的鉴别。自身免疫性肝炎在早期时，外周血中的自身免疫性抗体可以是阴性的，不能因为抗体阴性来排除自身免疫性肝炎的可能。做了肝活检之后可以判断炎症活动的程度，以及是否有进展到肝纤维化或肝硬化的可能，这对药物剂量大小的使用，以及是否要合用抗肝硬化的药物都有重要参考。并且对治疗之后再次活检评估病情是否好转也有重要的诊断价值。
