试管婴儿也会有畸形发生，试管婴儿生出的孩子和自然怀孕出生的孩子，缺陷和畸形的发生率基本相同。因为出生缺陷主要的原因是遗传因素，还有外界环境影响造成的出生缺陷。
如果试管婴儿自身遗传方面的问题，通过做试管也同样会遗传给下一代，虽然三代试管对胚胎的遗传方面进行了检测，但是也不能保证完全没有遗传现象。环境的因素也是一个重要的影响，目前环境因素有很多的影响，对这些影响具体对出生缺陷的作用还有待研究。所以，总体上来说，试管婴儿的出生缺陷跟自然妊娠出生的孩子的缺陷目前来讲没有明显差异。
