小儿扁桃体肥大的治疗，首先区分是急性扁桃体肥大还是慢性扁桃体肿大。如果是急性扁桃体发炎引起扁桃体肿大、肥大，主要以对症支持治疗为主，例如扁桃体炎、扁桃体肿大时，出现发热症状，可以采用物理降温或药物降温。高热时可以选用布洛芬和对乙酰氨基酚进行降温退烧的对症处理。如果扁桃体肿大引起咽喉疼痛，也可以选用清热解毒、利咽的中成药鼻喷剂，喷口腔、喷咽喉部，缓解咽喉肿痛的症状。如果合并有咳嗽，也可以进行止咳化痰对症处理。如果经过治疗，扁桃体不再肿大，则继续观察。
如果是慢性扁桃体肥大，建议到耳鼻喉科专科门诊进一步评估，排除除扁桃体肥大外，是否还合并有腺样体肥大，是否有打鼾、呼吸暂停等表现。必要时进行鼻咽镜检查、呼吸睡眠监测，再进行综合判断。如果经过内科保守治疗无效，必要时需要进行扁桃体或腺样体切除手术治疗。
