甲硝唑是一种应用比较广泛的药物,，具有广谱的抗厌氧菌和抗原虫的作用，临床主要用于预防和治疗由于厌氧菌引起的感染，比如呼吸道、消化道、腹腔、盆腔的脓肿感染以及皮肤软组织、骨和骨关节等部位的感染，以及有脆弱类杆菌引起的新生儿败血症、脑膜炎等等。另外，甲硝唑还广泛应用在预防和治疗口腔厌氧菌感染等。尤其需要对梭状芽孢菌属，主要是指破伤风，有比较好的效果，因此它常常和破伤风抗毒素联用，来治疗破伤风。另外一个重要的作用就是抗原虫，比如阿米巴原虫、滴虫性阴道炎，以及蓝氏贾第鞭毛虫等等；其他寄生于肠腔道的毛滴虫、鞭毛虫等。
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