患有严重心脏病、女性妊娠期、阑尾炎、肠穿孔的患者，应避免进行灌肠。在出现肠梗阻时，可以通过灌肠的方法促进肠腔的恢复，以解除肠道梗阻。但是在对患者进行灌肠时，还应当对患者进行检查，一部分人不可以进行灌肠，部分人身体上会伴随有严重的心脏病，尤其是有心衰现象，这些人应尽量减少灌肠的可能性，以避免导致心脏病发作，影响到患者生命。女性在怀孕期，尤其是在怀孕早期，应尽量减少灌肠的可能性，在怀孕期间进行灌肠，会对胎儿发育造成影响。当肠道中存在有急腹症时，如阑尾炎、肠穿孔，就尽量避免灌肠，这个时候进行灌肠对疾病治疗不利，甚至还会导致病情加重。
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