阴道菌群失调少数可以自愈，通过调整阴道局部的微生态环境，增强抵抗力就可以自愈，但有些需要进行药物治疗。由于阴道生态平衡被打破或者外源病原体侵入，导致炎症发生。正常的阴道微生物群中以产生过氧化氢的乳酸杆菌为优势菌，乳酸杆菌除维持阴道的酸性环境外，可产生过氧化氢、细菌素等抗微生物因子，就可以抑制致病微生物的生长，同时竞争排斥机制组织致病微生物粘附于阴道上皮细胞，维持阴道的微生态平衡。
由于频繁性交、阴道灌洗等就可使阴道PH值升高，不利于阴道的乳酸杆菌生长。长期应用抗生素抑制乳酸杆菌生长，或者在机体免疫力低下，就可使其它条件致病菌成为优势菌引起炎症，患者要避免不良因素的影响，避免阴道菌群失调。
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