绝大部分肛瘘都需要通过手术治疗，较少采取保守治疗，且绝大多数肛瘘都能够治愈。根据肛瘘种类、严重程度，临床需要根据分类选择恰当的手术方式。如果可以选择恰当的手术方式，绝大部分肛瘘都可以一次性治愈。少数复杂高位肛瘘，可能需要一次或多次手术进行治疗，但最后都能有比较好的效果。
肛瘘的治愈也和其它因素有关，比如人自身免疫功能以及愈合能力等。另外和人体自身营养状况有关，如老年人愈合能力差，所以时间较长，甚至有的持续不愈合，而小孩子或年轻人、青壮年相对治疗效果较好。还有些人合并有糖尿病、溃疡性结肠炎、克隆氏病等，导致肛瘘治疗效果较差。如果充分治疗原发病，可以使肛瘘治疗效果较好，使其能够完全得到治愈。
