扁桃体发炎常可引起以下疾病，炎症直接波及邻近组织常可导致扁桃体周围脓肿、急性淋巴结炎、咽旁间隙感染等。炎症经咽鼓管进入中耳，可引起急性中耳炎，炎症经鼻咽部进入鼻腔可引起急性鼻炎，即急性鼻窦炎，炎症向下蔓延可引起急性喉炎、急性气管支气管炎等。扁桃体炎还可引起全身系统许多疾病，常见的有急性风湿热、心肌炎、急性肾炎、急性关节炎及急性骨髓炎等。
一般认为上述并发症的发生，与各个靶器官对链球菌所产生的Ⅲ型变态反应有关，所以患者出现扁桃体炎以后要积极进行治疗。扁桃体炎的病因，正常人咽部及扁桃体隐窝内存留某些病原体，当人体抵抗力降低时，病原体大量繁殖，多数会破坏隐窝上皮，细菌侵入其实质而发生炎症。
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