代谢性脑病的治疗主要以治疗原发病为主，同时应当给予对症处理，对于合并有脑水肿的代谢性脑病的病人应该使用脱水治疗。代谢性脑病最主要的治疗原则是控制原发性疾病，例如血糖异常、电解质紊乱、酸碱失衡、甲状腺功能异常所引起的代谢性脑病，应当及时的控制血糖、调节电解质和维持酸碱平衡，待身体内的环境稳定后，自然代谢性脑病的症状就可以得到缓解。
由于肝功能异常导致的代谢性脑病通常没有办法完全治愈，只能清除肠道的有毒物质、纠正电解质紊乱治疗、改善代谢性脑病的症状，对于代谢性脑病引起的躁动不安、谵妄等精神症状可以给予对症的治疗。另外，脑部受到了损伤，可以给予自由基清除的药物保护脑细胞，改善脑组织供氧的情况。
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