小儿核磁共振与成人核磁共振检查差不多，也能够检查出全身的大部分疾病。检查应用最多的就是中枢神经系统的疾病，比如利用核磁共振可以检查小儿是否有脑内血管疾病、是否有颅内肿瘤、是否有颅内感染性病变、颅脑外伤、颅脑先天性发育畸形，以及脊髓各种病变。
核磁共振还可以用于检查面部，比如眼眶、鼻窦、鼻咽、舌部、耳部、颈部，以及腮腺等。检查胸部可以用于检查心脏以及大血管、纵隔、腹部各种实质脏器，也可以做核磁共振检查，用来检查是否有肿瘤等疾病。也可以用于肌肉、骨骼的检查，比如判断是否有关节病变，或者骨骼的肿瘤等等。
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