小肠炎首先应该用敏感的抗菌药物进行治疗，由于引起小肠炎，大多数是由革兰氏阴性杆菌所造成。因此所用的抗菌药物主要是第三代头孢菌素、氨基糖苷类抗生素、喹诺酮类抗生素，主要由盐酸左氧氟沙星、庆大霉素、头孢哌酮舒巴坦等，静脉滴注可以获得较好效果。如果腹痛症状比较明显时还可考虑应用解痉药物，口服的有山莨菪碱，静脉滴注的有654-2及间苯三酚等。如果腹泻较为明显，应当考虑给予止泻药物，如蒙脱石散等。如果腹泻明显并脱水严重的患者，还应当适当给予补液，调整水、电解质、酸碱平衡的紊乱。日常生活中应当避免进食辛辣、油腻、生冷、盐腌、熏烤等刺激性食物。注意饮食规律和卫生，避免暴饮暴食，应当少量多餐，还应当注意腹部保暖以避免小肠炎的发生。
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