一、常见暂时性并发症
肉毒毒素注射后的常见短期并发症包括：疼痛、水肿、瘀斑、紫癜、短期感觉减退、注射后短期头痛、长时间偏头痛（不常见）。
对于感觉迟钝及紫癜，可通过注射前局麻、正确的注射技巧、注射前后冰敷等措施尽量避免。
注射后头痛有两类：轻微头痛（可以一般非处方止痛药治疗）、严重头痛（报道少见，必要时可以强效止痛药和口服皮质类固醇治疗）。
为减低紫癜风险，应叮嘱患者术前避免服用影响血小板功能的药物（非类固醇类抗炎药、阿司匹林等）。
二、严重副反应
1、眉间并发症
上睑下垂是眉间单元注射肉毒毒素的最常见并发症之一；其原因被认为是，毒素扩散导致提睑肌被麻痹；可使用肾上腺素能眼药水改善（收缩苗勒氏肌提睑）。
避免出现上睑下垂的最好方法是，不要对之前已有一定程度睑下垂的患者（其额肌衰弱）注射。此外，大力按摩或向下按摩，也可能导致睑下垂。当眉间皱纹向下延伸为皱鼻纹，在治疗皱鼻纹时，应避免注射鼻翼提上唇肌和提上唇肌，以防上唇下垂。
2、前额与眉部并发症
在治疗前额水平皱纹时，为避免睑眉下垂，注射点应位于眶缘上方1-2cm，以减小扩散。向降眉肌注射小量毒素，也可防止眉下垂。选择合适的患者是关键。在注射额肌中部时，如果不对额肌外侧作平衡注射，则可能导致眉外侧上提的异样表情。对此的矫治措施是，对之前未注射的外侧肌肉补充注射少量毒素。
3、眼周并发症
任何眼周注射均可能导致瘀肿、复视、麻痹性睑外翻或眼轮匝肌下垂。
如果出现复视，遮盖一只眼睛可作缓解。为预防复视，注射点位应在眶缘以外，以免毒素扩散进入眼球外肌。如果不小心注射到颧大肌或颧弓下区域，则可能导致颊与唇下垂。眼轮匝肌注射治疗鱼尾纹时，注射点位应颧支切迹上方1cm以上，以防出现中面部和唇下垂。为避免中面部和唇下垂，对眼轮匝肌注射时，范围应限制在眼窝外1cm，或外眦外侧1.5cm以内，避免接近颧弓下缘。
4、口周并发症
尽管下面部注射大多数使用填充剂，但辅助使用肉毒毒素也非常有价值。
在治疗口周皱纹时，注射口轮匝肌应保守。口轮匝肌可经上下唇注射，注射时应保持对称和浅表。注射应保守，注意对称、浅表过量注射口轮匝肌，可能导致闭唇、进食、刷牙困难等显著副反应；此外还可能导致笑容不对称或言语障碍（B、P等辅音发音困难）、唇本体感受减弱等。因此，在术前须对所有患者（特别是以音乐、播音、演艺为职业者）声明这些潜在风险。口轮匝肌萎缩还可能导致唇t继发性扁平。此时，可在唇缘注射真皮填充剂予以矫正。如果注射点位距离口轮匝肌过高，可能导致上唇内翻、外翻或暂时性下垂。降下唇肌收缩将形成皱纹，并使嘴部随年龄增长而永久性下坠。此时，可通过注射真皮填充剂或肉毒毒素改善，注射点位不应高于唇与下颌间中点，以便软化唇颏沟。
降下唇肌需经触诊确定其位置。注射降下唇肌时，如果点位太靠近嘴部，则可能导致单侧麻痹。一种好的方法是，首先让患者咬紧上下颌，以确认降下唇肌的位置；接着，向每侧降下唇肌下部注射肉毒毒素。
降下唇肌注射点位；避免太接近嘴部肉毒毒素注射用于治疗鼻唇沟，极少成功，因此最好避免。肉毒毒素治疗鼻唇沟，可能影响口腔机能并导致发音困难。大部分情况下，应以真皮填充剂治疗鼻唇沟。
5、颏部与颈部并发症
肉毒毒素注射颏肌（颏部外侧至中线），常用与治疗颏部凹陷。颏部凹陷是由于颏肌活动加上颏部胶原及皮下脂肪缺失所致。
注射颏肌时，如果不小心注射到降唇肌，可能导致下唇凹陷。
对于伴有颏肌肥大的颏部凹陷患者，由于其特别容易出现口功能障碍，因此应避免注射颏部。对颏沟部过度注射，可能导致影响口功能或导致笑容不对称。但是，在下巴位置注射颏肌，的确可显著柔化该部位轮廓。注射后，应进行充分按摩。
肉毒毒素还可用于治疗颈阔肌带（竖纹）和颈部横纹。皮肤弹性良好、颏下脂肪缺失少的患者，适合接受颈阔肌带注射。由于颈阔肌属于浅表肌肉，因此注射时切忌过深，否则可能导致吞咽困难（有生命危险）或变声。
6、系统性并发症
肉毒毒素致敏是剂量依赖型并发症：一般情况下，美容患者的最大注射剂量为20-100U，其出现排斥反应的几率较治疗性患者（注射剂量高达300U）小得多。
