在月经刚刚结束时，卵巢处于正常的生理状态，卵泡没有发育，而随着卵泡的发育，在一个月经周期中，有一个优势卵泡逐渐长大、成熟，最后排卵。排卵以后卵泡消失，形成黄体，当卵子与精子结合会形成胚胎，妊娠黄体会逐渐增大，在月经的后半期，黄体可以逐渐长大，内呈网格状，可以形成囊肿，这时候的囊肿通常小于5cm，而在月经以后，由于激素水平的下降，囊肿可以消失，这个囊肿就称为生理性囊肿。个别人在月经前半期卵泡增大，超过一定的范围而不破裂，也可以形成滤泡囊肿，这也是生理性囊肿的一种，这种囊肿常常在三个月左右消失，所以生理性囊肿的特点是个头比较小，常常小于5cm，而且在三个月以后自动消失，在一个月经周期中在左侧，下一个月经周期中会变为右侧，而真性卵巢囊肿，通常侧别是不会变的，而大小也不一。
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