肛门疼痛有以下几个原因，笼统来讲，第一是肛周脓肿，也就是炎症性的；第二是肛周痔；第三个是肠神经官能症，是功能性的。最常见的是肛周脓肿，因为肛周的炎症引起，有些表现为坐立不安、有些人会伴有发热，药物治疗疼痛缓解不明显。其次是痔疮的急性发作，痔疮有时候伴发感染、嵌顿以及血栓，会有肛门疼痛。最后是肠神经官能症，多见于女性病人，尤其是产后，还伴有坠胀感，休息之后或者心情放松之后会有一定程度缓解，增强体质后也会有改善。
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