甲功三项包括促甲状腺激素、甲状腺素、三碘甲状腺原氨酸，有些还包括血清总甲状腺素、血清总三碘甲腺原氨酸。甲功五项除了甲功三项中包含的指标之外，还包含有抗髓过氧化物酶抗体，以及甲状腺球蛋白抗体。
如果促甲状腺激素以及甲状腺素都是正常的情况下，抗髓过氧化物酶抗体以及甲状腺球蛋白抗体的滴度如果显著增高，则具有诊断的意义，通常提示为桥本甲状腺炎。所以在最初检查甲状腺功能时，建议先检查甲功五项。如果抗体没有问题，只是促甲状腺激素以及甲状腺素的水平有变化，复查时只需要检查甲功三项。
