肛瘘的治疗方式有很多种，最好的肛瘘治疗方式就是手术。非手术治疗主要是通过药物控制感染，减轻症状控制病情的发展，常用的方式有中药以及西药治疗，西药就是同时静滴抗革兰阴性菌，以及抗厌氧菌的抗生素进行控制感染；还可以用熏洗法，比如荆芥熏洗剂熏洗肛门周围，这种效果一般欠佳。最好的治疗肛瘘方法就是手术，通过外口窦道，试图寻找它的感染源及内口，完整切除后可以清除感染的肛腺，将瘘管和感染异物清除掉，可以彻底的治愈肛瘘。
