黄疸蓝光治疗的副作用，目前认为光疗相当安全，虽有副作用，但一般并无危险。常见的副作用有发热，体温可以达39-40℃，但是认为是不显性失水增加，是灯光、荧光灯的热能所致。还有腹泻也是比较常见的，大便稀薄呈绿色，每日4-5次，最早光疗3-4个小时即可出现，待光疗结束后不久停止。皮疹有时可以见到红斑或者瘀点，光疗结束就可以消失。
青铜症，当胆汁淤积时，黄疸婴儿光照后可使皮肤血清及尿色呈青铜色，青铜症的原因尚不清楚，尽管发生于胆汁淤积的患儿，可能与血浆中普林的积聚有关，通常很少有不良后果，光疗停止后青铜症逐渐消退，但时间较长。DNA的损伤，这个时候体外试验证明有损伤，在做的时候建议用尿布遮盖做组织光疗小儿的生殖腺、眼睛，结果表明对生长发育并无影响。由于强光照射能够损伤视网膜，导致结膜充血、角膜溃疡等，故光疗时用黑布或厚布保护眼睛，只要做好保护并不影响。其他可能引起低钙等症状，基本上就这些副作用，做好防护是可以预防的，有些症状光疗结束后就消失了。
