强直性脊柱炎会反复发作，如果膝关节、其它大关节或者腰部疼痛比较重，骶髂关节磁共振检查显示水肿面积较大，需要积极治疗。如果踝关节、膝关节肿痛严重，查血沉比较高，关节腔内可以注射激素或者口服强的松等药物控制炎症，配合使用免疫抑制剂，如柳氮磺吡啶、甲氨蝶呤等药物进行治疗。
如果脊柱炎症较严重，最好选用生物制剂，研究表明生物制剂和非甾体抗炎药对基础炎症有作用，免疫抑制剂对中轴关节作用不大，选用生物制剂较好。
