甲胎蛋白在临床上属于反应肝脏肿瘤或肝癌相对特异的标志物。如果甲胎蛋白偏高，建议进一步地进行肝脏相关检查，如腹部超声，可以在肝、胆、胰、脾、肾等部位检查，也可以进行腹部CT、核磁检查，主要针对肝脏进行检查，明确是否存在肝脏病变。
当甲胎蛋白水平很高或从低浓度逐渐升高不降，更多考虑为肝脏肿瘤问题。但甲胎蛋白水平偏高也不一定均由于肝癌导致，比如由于某些原因导致的肝炎，如各种急慢性肝炎，也可能会引起甲胎蛋白增高。如果女性在孕期进行甲胎蛋白检测，则会发现甲胎蛋白处于生理性轻度增高的状态，此时与怀孕状态有关。
因此，当出现甲胎蛋白增高时，需要重点排查肝脏疾病，可以进行超声、CT、核磁共振等检查。
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