泌尿系统结核较早出现且常见部位是肾脏，即肾结核。在早期时，由于结核杆菌对肾脏破坏较轻微，患者可以无任何临床表现，此时如果进行超声或CT影像学检查，多数情况可发现有肾实质破坏的情况。如果未得到合适、正确的诊治，结核杆菌对肾脏破坏继续加重，可进入到结核系统，通过尿液进入到输尿管和膀胱中，造成输卵管结核和膀胱结核，患者会开始出现尿频、尿急、尿痛或肉眼血尿的临床症状。
如果仍然未得到正确诊治，输尿管结合会进一步加重，导致输尿管出现僵硬和闭塞，此时肾脏中还会有结核菌尿液，无法通过输尿管进入膀胱。大部分患者膀胱结核逐渐痊愈，临床症状也逐渐减轻，造成疾病已痊愈的假象，在临床上称为肾自截。实际上，此时肾脏中的结核菌感染已经较严重，肾实质已受到严重破坏。
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