尿液中上皮细胞来自生殖尿道的整个泌尿系统，包括肾小管上皮细胞、移行上皮细胞和复层扁平上皮细胞，肾小管上皮细胞来自远曲和近曲小管。如果在尿中出现上皮细胞常提示肾小管病变，在某些炎症时可见肾小管上皮细胞发生脂肪变性，称为脂肪颗粒细胞。
观察尿中肾小管上皮细胞，对肾移植术后有无排斥反应也有一定的意义。移行上皮细胞因部位不同形态有差别，表层移行上皮细胞主要来自膀胱，中层移行上皮细胞主要来自肾盂，底层移行上皮细胞来自输尿管、膀胱尿道。
正常尿中无或偶见移行上皮细胞，在输尿管、膀胱尿道有炎症时可出现，大量出现时应警惕移行上皮细胞癌。复层扁平上皮细胞也称为鳞状上皮细胞，来自尿道前段。女性尿道有时混有来自阴道的复层扁平上皮细胞，尿中大量出现或片状脱落，且伴有白细胞、脓细胞时见于尿道炎。
