在临床上引起消化不良的原因很多，首先，主要包括胃肠道的慢性炎症，可以导致食管、胃、十二指肠正常的蠕动功能失调，导致消化不良。其次，糖尿病、神经性厌食症等导致胃轻瘫，也会影响到胃的收缩和蠕动功能，引起消化不良。然后，患者精神因素或者受到某些猛烈的刺激，也可以导致消化不良。最后，消化不良还可以由先天性、特发性或者其他系统的疾病导致，比如乳糜泻，多是由于敏感性肠病所导致的肠道吸收不良综合征。
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