扁桃体摘除基本没有危害。目前扁桃体切除术常采用微创手术，即低温等离子扁桃体切除术，较传统手术的危害已大大降低。因为传统手术只是切，没有凝的功能，所以出血率较高。而低温等离子在切的过程中就可以对出血点进行封闭、止血。因此，无论对儿童还是对成人，现在扁桃体切除术的舒适度以及术后的出血率都有较大改善。
扁桃体切除有一定指征，如扁桃体肥大影响呼吸，或者扁桃体反复发炎引起心肌炎、肾炎，出现扁桃体结石、扁桃体脓栓，引起了口臭，或者有扁桃体良恶性肿瘤，此时切除扁桃体利大于弊。
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