打了环磷酰胺进行化疗，病人可以出现骨髓功能的抑制，主要表现为白细胞，尤其是中性粒细胞的减少，有的病人可以出现血小板的减少。当中性粒细胞减少比较严重的时候，病人可以合并有发热的症状，如果血小板减少的比较严重，病人可以有出血的表现。
此外，在用环磷酰胺进行化疗之后，有的病人会出现食欲减退、厌油腻、恶心、呕吐、腹胀等胃肠道反应，还有的病人会出现脱发和皮肤色素沉着的现象。用环磷酰胺治疗有的病人还可以出现肝脏的损伤和膀胱黏膜的损伤，病人可以出现肝功能的异常以及膀胱刺激症状，甚至出现血尿。
