化脓性骨髓炎最常发生的部位是长骨的干骺端，其中以胫骨上下端、股骨下端及肱骨上端最为多见，其它骨骼部位也可以发生，但相对比较少见。发生在以上部位，主要是由于细菌容易在干骺端的松质骨内停留、繁殖，引起局部急性的炎症反应，导致骨内压升高，引起剧烈疼痛的临床症状。
此外，干骺端的骨密质相对较薄，容易被脓液穿破，导致局部感染蔓延。因此，化脓性骨髓炎一经确诊，要及时到骨科门诊治疗，必要时还需要进行手术处理，才可以使临床症状迅速得到改善，避免形成慢性的骨髓炎症。
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