生化流产绝大部分原因是由于胚胎本身染色体异常所导致，而其他的原因包括母体的因素，还有父亲的因素以及环境的因素，胚胎本身的原因包括染色体异常、数目的异常和结构的异常。
数目的异常以三体最为多见，常见的有13三体、16三体、18三体、21三体和22三体，其中X单体三倍体以及四倍体比较少见，后者引起流产，主要还有平衡异位导致缺失和重叠以及嵌合体。而母体的因素、父亲的因素、环境的因素，也占一部分比例。
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