上颌窦的真菌感染通常是需要手术治疗的，因为上颌窦的真菌感染，病人可能会有一侧鼻子堵，有分泌物流出来，也有一部分没有任何症状。在做头颅CT或者鼻窦CT的时候，发现是鼻窦的真菌感染，尤其是上颌窦的真菌感染非常多见。通常保守治疗效果不好，一般需要手术治疗，将窦口打开，把真菌的霉菌块清理干净，然后进行冲洗，这样才能够使霉菌性的鼻窦炎彻底的根治。一般复发率不高，但如果是上颌窦里头的真菌霉块没有清理干净，有少部分人可能会复发。
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