胆石症术后并发症取决于胆结石部位、手术方式。胆囊结石，手术方式简单，做肝胆外科最常见的腹腔镜下胆囊切除术。随着技术提高，并发症发生很少，但是偶尔有以下并发症。手术中胆道损伤、出血、感染。
但胆管结石，特别是肝内胆管结石，处理非常复杂，并发症更多。肝内胆管结石处理，切除病灶，把肝脏切掉部分，去除结石，所以会带来相关并发症增大，比如切除肝脏，出现手术当中、术后出血、感染情况。常见并发症是出血、感染、肝功能损伤。
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