输卵管结扎术包括小切口绝育以及经腹腔镜输卵管绝育术，手术常常是十分安全的，其手术并发症出现的比较少，包括术中出血以及血肿，出血和血肿均为术中过度牵拉，或者是钳夹损伤输卵管、输卵管系膜导致的，有时予局部创面血管结扎松弛等有关。
另外术中感染，包括腹壁切口的感染、盆腔感染及全身的感染。感染可能因手术侵入有关，也可能与体内抵抗力低下有关。另外脏器损伤是手术的严重并发症，可以出现膀胱、肠管等多脏器的损伤，特别是腹腔镜手术时，有时电烧可以造成迟发性损伤出现。另外绝育失败，比如造成误扎或者是输卵管再通，都是输卵管绝育术所导致的并发症。
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