临床上肝内结石主要是采用外科手术治疗，外科手术治疗的原则为尽可能的取干净患者肝内的结石，解除患者胆道狭窄及胆道梗阻，去除结石部位和感染病灶，恢复和建立通畅的胆汁引流，防止结石的复发。
一般手术包括：
1、胆管切开取石。这是临床上最基本的方法，应该争取切开狭窄的部分，沿着胆总管向上切开，甚至可以达二级胆管。通过术中胆道镜取出结石，直到结石取出干净。对于难以取净的局限性结石，需要行肝部分切除术。
2、胆肠吻合术。胆肠吻合术已经不能作为替代对胆管狭窄、结石病灶的处理方法，目前临床上已经对此手术废弃。
3、肝切除术。肝内胆管结石反复发作并感染，可引起局部的肝萎缩，因此，切除病变部分的肝，包括结石和感染病灶，一并可以解决所有的问题。
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