男性携带HPV的治疗方式尚存争议，主流观点是针对HPV造成的尖锐湿疣等局部新生物进行治疗，而对于无任何病灶，单纯化验检出HPV的男性，则不主张积极治疗。HPV可以感染男性，也可以感染女性，对于男性的治疗相对较明确。男性患者可能会生长出各种新生物，如尖锐湿疣、扁平疣等，病变风险相对较低，通常表现为外生殖器附近长出质硬新生物，体积较小、凸出皮肤表面且呈菜花样，触摸时可能存在疼痛。此时需要针对上述病变进行治疗，可以采用激光、冷冻、电灼等技术切除。
而除病灶外，患者是否需要进行输液、口服药物等全身治疗，则尚存争议。目前学术界并未发现，全身治疗对于患者此后的生活质量有所改善。因此，对于男性HPV感染，需积极寻找外生殖器是否存在相关病变，并及时进行治疗。
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