甲状腺过氧化物酶抗体是免疫系统在保护甲状腺的时候，自身免疫误伤了自己。甲状腺过氧化物酶是合成甲状腺激素必不可少的酶，碘的有机化、碘和酪氨酸结合在一起都需要过氧化物酶。自身的免疫系统不认识过氧化物酶，认为是敌人产生自身防御反应，就会产生甲状腺过氧化物酶抗体。
抗体不会直接损伤甲状腺，如果身体检测出来甲状腺过氧化物酶抗体阳性，说明体内存在着自身免疫反应。自身免疫可以损伤甲状腺，带来甲状腺功能减退，通过测定甲状腺过氧化物酶抗体，医生可以临床诊断桥本甲状腺炎。诊断桥本甲状腺炎以后，医生不会使用各种药物来降抗体，关注的是甲状腺功能是否正常，如果有甲状腺功能减退，医生会使用左甲状腺素钠替代治疗。
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