射精后阴茎刺痛，则可能的原因：一、精囊或者精阜的感染，导致精液中含有较多的脓性分泌物，或者伴有较多的白细胞。这时可以出现精液刺激黏膜，而出现疼痛的症状。多伴有会阴区的胀痛不适，或者伴有射精颜色异常。如精液发黄或者表现为脓臭的气味。建议进行精液常规检查及精液的培养检查，必要时需要进行精囊、精阜部B超检查进一步确诊。二、如果存在有尿道的病变，如尿道炎，可以造成尿道糜烂或者存在有尿道结石，可以导致局部黏膜损伤，这时可以出现射精时疼痛。同时患者多伴有排尿的异常，如尿频、尿急、排尿分叉、排尿疼痛，或者出现有排尿困难等症状。需要进行尿常规检查、尿道镜检查及泌尿系统B超检查，进一步的确诊。
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