乙肝大三阳很难根治，一般乙肝大三阳都处于免疫耐受期，不需要治疗，只需要定期复查就可以，但转阴的几率非常低，如果乙肝大三阳伴有肝功能异常则需要治疗。部分乙肝表面抗原定量比较低的乙肝大三阳病人叫做优势人群，可以使用干扰素联合核苷类抗病毒药物治疗的。这部分病人有可能会出现大三阳逐渐转变为小三阳，乙肝表面抗原定量的值逐渐降低，最后转阴，出现或者不出现乙肝表面抗体，但是这部分病人只占很小的一部分。大多数病人抗病毒治疗的目的都是控制病毒复制，防止肝硬化和肝癌的发生。
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